百迈客与纳米孔测序 | 《大咖论健》86期
关键词/医学云 三代测序
基因测序等新兴生物技术（BT）和大数据及人工智能等信息技术（IT）发展与融合，构建数字生命健康。基于”连接融合价值，数据预见未来“的理念，基因慧主办《大咖论健》，汇聚创新创业先锋参与产业前瞻性探讨。
第86期嘉宾为北京百迈客生物科技公司产品中心总监刘敏。如何看待三代测序，如何让医学云与三代测序助力基因科学设想？听刘敏总监说。
1. 科研服务的意义是提取科研共性需求
【基因慧】您作为百迈客的产品中心总监，拥有10年生物信息学分析与研发的经验，坚持为科研工作者服务，目前公司可以为科研工作者解决哪些痛点？您认为公司拥有哪些核心优势和关键技术可以为科研工作者提供更好的服务呢？
【刘敏】科研服务存在的意义就是将科研工作中具有共性的部分提练出来，然后把这部分工作做精做快，让科研工作者把精力更集中在科研创新与具体的科学故事上。百迈客成立快10年积累了大量的数据挖掘经验与技术人才，能够为科研工作者提供更专业的服务，同时，百迈客合作客户已累积完成5篇Nature Genetics文章发表。
在10年中，百迈客积累完成了近万个科研合作项目，完成了数万个个性化的数据挖掘工作，这是百迈客的财富，我们从中经过多年的提练，打造出来了百迈客云。我们将数万个个性化问题进行总结，集成到数百个工具上，能够让科研工作者快速的用这些工具去实现自己的科研设计，从而加速科研工作者。
百迈客在功能基因组学挖掘方面，研发了具有自主知识产权的SLAF技术与HighMap遗传图谱排图软件，为广大科研工作者提供了快速进行分子标记开发与功能基因定位的技术。在复杂基因组组装方向，已完成猕猴桃基因组、芥菜基因组、棉花基因组与甘蔗基因组等物种全基因组从头组装，累计完成4篇基因组Nature Genetics文章发表。
此外，百迈客做为亚洲第一家同时通过Oxford Nanopore官方双平台认证的公司，我们将在2019年从结构基因组学、Oxford Nanopore全长转录组与Oxford Nanopore表观遗传学等方向为广大科研工作者提供更多技术支持。
2. 生物大数据挖掘平台，标准化共性工作
【基因慧】科研用户的需求日益多样化、个性化，基因大数据分析处理也成为难题，请结合您的工作实例，与基因慧读者分享如何去面对这些挑战。
【刘敏】科研包括常规技术实现与科学个性化实现，即对于大部分科研来说，前期部分会存在大量重复性技术实现，但对于科研来说，拿到大量常规数据是不够的，还需要研科创新点这是最后的点睛之笔。就像是简笔画与艺术作品，常规的技术实现或数据挖掘好比是简笔画，只有再经过精心的创作才能成为艺术品。
科研合作的角色中，科研工作者是大脑，百迈客是手和脚，只有将老师科研设计与百迈客的技术进行有机地结合，才能真正“1+1>2”，加速科研产出。百迈客成立也已经快整10年了，积累了大量的项目分析经验与技术人才，成功搭建了国内第一个生物大数据挖掘平台，将这些常见的方法精练出来，提供给广大的科研工作者，让大家能够简单地实现自己的科学设想。
最后，百迈客也是一个学术交流的平台，我们累积了不少的行业专家与各领域的科研工作者。我们每年会有一次全国功能基因组学高峰论坛，为广大科研工作者提供分享与交流的机会。同时，在项目合作开展的过程中，我们也会尽可能为有需要的老师提供我们的客户资源，让专业的人做专业的事。
3. 医学云与新技术结合的广阔前景
【基因慧】医学科研领域是新的增长点，百迈客将进行哪些战略部署？
【刘敏】百迈客一直致力于科研领域的耕耘，百迈客医学科技服务事业部从2014年开始就成立了单独的事业部，看中的就是医学科研服务在整个科研服务中的重要地位。在未来几年我们依然会结合百迈客医学云与新技术，将百迈客10年的科研数据挖掘经验应用到服务中，用更适合的技术为科研工作者服务。在2019年，我们会重点围绕医学云与Oxford Nanopore技术开展工作，让更多的科研工作者更快更好的达成科研目标。
4. 三代测序的亮点，如何照亮基因组的黑暗角落
【基因慧】三代测序无需扩增即可实现单分子测序，具有长读长等特点，弥补了NGS的短板。有学者称“三代测序技术的出现照亮了过去从未看到的基因组的黑暗角落”，您如何理解这句话？您如何看待三代测序的未来发展与前景？
【刘敏】我觉的这句话算是把三代测序的所有优点总结最到位的了，这里我用几个例子来回答您的问题：
1）Oxford Nanopore进行RNA测序来说，它能直接对RNA进行测序，最真实的反映RNA的状态，这是以往无法完成的，同时，Oxford Nanopore可以完美的对转录本进行定量与定性分析，这在以往也是非常困难的。
2）Oxford Nanopore可以对DNA水平与RNA水平的表观修饰进行全面系统的展示，而且这里需要注意的是，全部的这些只需要一次测序就可以完成。
3）它的长度比二代高2-3个数量级，能让我们对基因组有更准确的了解因为以往很多基因组信息都是错误的，同时，原来没有的基因组区域现在我们能去研究，特别是高重复序列区与高GC富集区等黑暗区。我个人认为，三代测序技术将会以很快地速度取代二代测序应用的部分领域。
5. 纳米孔测序对结果的真实性又进了一步
【基因慧】公司目前有哪些基于纳米孔测序技术的研究成果呢？纳米孔测序技术如何使您的工作受益？
【刘敏】我司目前在Oxford Nanopore技术上的研究成果可以说是突破性的，在全国所有Oxford Nanopore供应商中我司独家获得RNA测序资质，这是我司Oxford Nanopore实力的最好认定，另外我司现在保持着全球Oxford Nanopore测序单cell产出最多的记录（162G/cell），截止目前百迈客已经完成近200种物种的Oxford Nanopore平台测序，所有这些成果都是我司在通过不断的优化流程、不断更新迭代样本处理等技术所带来的回报，相信在未来几个月内将会看到百迈客合作老师的学术成果见刊。我们投入在Oxford Nanopore测序上的研发经费也是最多的一家，接下来我们还会投入更多的研发精力在该技术上，以期通过该技术造福更多的科研工作者甚至是全人类。
Oxford Nanopore测序技术给我个人工作带来的最大好处，是我可以在给老师出方案的时候通过引入该技术时能给老师带去更多的可能，对结果的真实性又更加接近了一步，不再像之前那样在渺茫的基因海洋中漫无目的的寻找，是该技术给了我一条更清晰的方向，让我在给科研工作者服务的时候有了更多的信心。
6.三代测序Oxford Nanopore技术对科研设计带来新的思路
【基因慧】您对想要开始、或刚刚开始使用纳米孔长读长测序的科研工作者有哪些建议？
【刘敏】对于更多科研工作者我想跟您说的是：三代测序技术已经出现很多年了，其应用方向会越来越多，成本也会越来越低，相信在未来的2年里，大家将会看到大量原有二代测序应用的领域会被取代掉，我也相信这个时间会比大家想像中的来得更快。对于我们科研工作者来说，应该结合自身的科研目标，大胆地去设计与应用它们，因为这样能更快更好的达到您的目标。同时，大家可以关注我们百迈客的公号和官网，就能了解到更多关于Oxford Nanopore测序的基本应用和原理。
如果您之前了解过Oxford Nanopore测序，但是还没做过Oxford Nanopore项目，那么您现在需要做的就是把自己的课题拿出来重新设计，应用最新的Oxford Nanopore技术说不定更能达到您想要的目的，更接近达成您心目中的完美方案。如果您已经做过Oxford Nanopore测序，那么我给您的建议是大胆地去分享您的经验，通过跟更多的人合作您的数据能发挥更大的作用。
以上信息仅代表采访嘉宾个人观点
欢迎产学研医资政代表参与《大咖论健》
info@genonet.cn，400-088-7466
编辑：Nicole
审核：Mark
新媒体编辑
行业分析师
【欢迎加入基因慧】info@genonet.cn
临床篇 27位临床大咖 | 黄尚志 | 丁洁 | 黄国英 | 梁军 | 朱军 | 王杰军 | 陆舜 | 于世辉 | 顾大夫 | 陆国辉/王若光/张学 | 沈亦平 | 杨平 | 李宁 | 黄涛生 | 杨云生 | 祁鸣 | 王艺 | 李延青 | 梁志清 | 詹显全 | 王威 | 王奕鸥 | 弓孟春 | 刘红星 | 姜艳芳
产业篇 33位产业先锋访谈 | 汪建 | 孙洪业 | 尹烨 | 阎海 | 曹涵 | 赵奕宁 | 朱岩梅 | 王东辉 | 林河山 | 秦楠 | 文洁 | 许明炎 | 熊磊 | 许传波 | 杨云霞 | 柴映爽 | 茅矛 | 陈钢 | 揣少坤
科研篇 14位精准医疗大咖 | 魏于全院士 | 高福院士 | 于军 | 李继承 | 赵立平 | 杨瑞馥 | 方向东 | 马端 | 孙立英 | 施奇惠 | 菠萝 | 杨虎山 | 戴俊彪 | 鲁兴华 | 陈润生/于军/康熙雄 | 龚瑶琴
▼ 点击“阅读原文”进入YourMap知识库。
您的点击“在看”对我们很重要哦 ▼